武则天决定亲自过问狄仁杰谋反案，她召见狄仁杰，询问他为何承认谋反，狄仁杰道：“我如果不承认造反，已经死于酷刑了。”武则天又问为何要作《谢死表》，狄仁杰则答称并未写过，武则天便让人拿出《谢死表》，方知道表章是伪造的，因此免去狄仁杰等大臣的死罪，全部贬为地方官。其中，狄仁杰被贬到彭泽，担任县令。此后，魏王武承嗣多次请求诛杀狄仁杰，但都被武则天拒绝。
契丹首领孙万荣作乱，攻陷冀州，一时间河北震动，武则天为了稳定局势，起用狄仁杰为魏州刺史。当时，前任刺史为了抵御契丹，尽趋百姓入城，缮修守城器具，但狄仁杰到任后，却让百姓返田耕作，孙万荣闻听狄仁杰被起复，不战而退，魏州百姓争相立碑颂德。不久，狄仁杰调任幽州都督，获赐紫袍、龟带，武则天还在紫袍上题写了十二个金字，以表彰狄仁杰的忠诚。
娄师德曾推荐狄仁杰为宰相，狄仁杰对此丝毫不知，反而在拜相多次排挤娄师德，使得娄师德最终被放为外任。武则天问狄仁杰道：“娄师德贤明吗？”狄仁杰道：“他担任将领谨慎守职，但是否贤明，我就不知道了。”武则天又问：“娄师德知人吗？”狄仁杰道：“臣曾与他同朝为官，从没听说过他知人。”武则天拿出娄师德举荐狄仁杰的奏章，道：“我用你为宰相，就是娄师德举荐的，看来他确实知人啊。”狄仁杰大惭，叹道：“娄公盛德，我被他宽容相待却不知道，我不及他太远了！”
狄仁杰再次拜相，担任鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事，加授银青光禄大夫。当时，朝廷征发百姓戍守安西四镇，以致怨声载道，狄仁杰为此上表劝谏，又建议废除安东都护府，复立高氏为高句丽君主，暂停江南粮草运输，抚慰河北百姓。他的建议虽未被朝廷采纳，但却得到了有识之士的赞同，不久，狄仁杰又代理纳言之职，兼任右肃政台御史大夫。
武则天到三阳宫避暑时，答应胡僧去参观埋葬佛舍利，狄仁杰跪在武则天马前，劝谏道：“佛是戎狄之神，不值得让皇帝屈尊驾临。胡僧诡计多端，是想借此迷惑百姓。况且，沿途山路艰险狭窄，容纳不下多少侍卫。皇帝乃是万乘之尊，不宜前往。”武则天便中途折回，道：“我是为了成全狄公的直臣之气。”
武则天晚年时，欲铸造一座浮屠佛像，需要花费钱财数百万，因府库不足，便让天下的僧人每日施舍一钱相助。狄仁杰进谏道：“做工不可能役使鬼神，必定要役使人力；庄稼不会从天上掉下来，终究是由地里长出来的。这么做损害的一定是百姓。如今边境尚未安宁，您应放宽徭役，免去不需急办的事务。即使雇请工匠劳作，以此接济穷人，但耽误农时，也是放弃国家根本。铸造佛像，既费官府库财，又耗人力，如果一方发生灾难，到时又用什么去救济呢？”武则天遂作罢。
突厥南下骚扰河北，劫掠百姓万余人，武则天任命狄仁杰为河北道行军元帅，征讨突厥，并许以便宜行事之权。突厥军杀尽俘虏，由五回道退回漠北，狄仁杰率十万大军追击，但未能追上，只得退回河北。武则天又任命狄仁杰为河北道安抚大使，让他安抚河北，当时，河北百姓多被突厥胁从，在突厥退军后害怕受到牵连，纷纷逃匿，狄仁杰奏明皇帝，赦免河北诸州百姓，使他们回乡生产。
武则天曾问狄仁杰：“朕希望能找到一位杰出的人才委以宰相重任，您看谁比较合适？”狄仁杰答道：“如果您所要的是文采风流的人才，那么宰臣李峤、苏味道便是最合适的人选。但您若一定要找出类拔萃的奇才，那就只有荆州长史张柬之了，张柬之年纪虽老，但却有宰相之才。”武则天遂提拔张柬之为洛州司马。
后来，武则天又让狄仁杰举荐人才，狄仁杰道：“我此前推荐的张柬之，您还没有任用呢。”武则天道：“我已经给他升了官了。”狄仁杰道：“我所推荐的张柬之是可以作宰相的人才，不是用来作一个司马的。”武则天于是任命张柬之为秋官侍郎，不久又拜其为宰相。
李楷固、骆务整是契丹将领，曾参与侵略唐朝边境，数次挫败唐军，最终兵败降唐。法司认为二人末路来降，请求依法论罪。但狄仁杰却道：“李楷固、骆务整皆骁勇绝伦，若恕其死罪，抚以恩德，他们必会感恩戴德，为国家尽心竭力。”他不顾亲友的劝阻，请求赦免二将，并道：“只要对国家有利，我又怎能只为自己打算。”武则天遂赦免二将，委以官职，让他们征讨契丹余党。后来，李楷固、骆务整扫平契丹，在含枢殿行献俘之礼，武则天大宴群臣，席间向狄仁杰举杯劝酒，道：“这都是您的功劳。”狄仁杰答道：“这全靠陛下威灵，将帅尽力，我又有什么功劳！”
武则天曾命几位宰相各自举荐一人为尚书郎，狄仁杰便推荐自己的儿子狄光嗣，狄光嗣因此被拜为地官员外郎，而且非常称职，武则天赞道：“您可以和内举不避亲的祁奚相比了。”
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